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海星生物-融合基因标准品

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发表时间:2022-07-18 17:26作者:诺扬生物来源:海星生物

| 基因融合与肿瘤发生

融合基因(fusion gene),是指两个基因的部分序列发生融合形成的嵌合基因,一般由于染色体易位、缺失等原因所致。这种嵌合基因会在后续的生物学过程中形成异常转录本或蛋白质,进而导致或者促进肿瘤的发生。举个例子,慢性粒细胞白血病,其分子生物学特征就是检测到BCR-ABL融合基因;该融合基因翻译出的融合蛋白具有很强的酪氨酸激酶活性,会导致细胞过度增殖、细胞凋亡受抑制,进而出现各种病症。


因此,准确检测出融合基因/转录本,对于这类肿瘤疾病的预防、治疗和全面理解有重要的意义。在实际分析中,我们通过预测的融合基因位点信息,对“表达外显子组”的转录活性区域进行筛选,获取涉及转录序列突变和结构重排的证据,进而找到与其功能相关的癌症基因组的变化。


| 肿瘤分子诊断的发展前景及其标准化

分子诊断技术是肿瘤分子病理研究具有划时代意义的检测手段,拓宽了病理学研究的范围,使我们对肿瘤发生发展、形态特征、生物学行为的认识进入分子水平,分子诊断的大部分技术已日趋成熟。

分子诊断目前仍存在一些问题,由于其技术一般都具有敏感性高的特点,特别是PCR和NGS技术,结果影响因素较多,最大的问题为技术性假阳性和假阴性。要使检测技术具有高敏感性,又要确保检测结果的高特异性和重复性,质量控制至关重要,关键在于建立标准化的实验操作程序和标准化的分子诊断实验室和标准化的诊断指标。


| Fusion标准品细胞株定制

融合基因是肿瘤产生的重要原因,实体瘤中最常见融合基因是酪氨酸激酶(如ALK、ROS1和RET等),融合突变导致下游细胞信号通路激活,细胞无限增殖。融合基因既是导致肿瘤的“魔鬼”,也能成为靶向治疗癌症的天使。多种融合基因的靶向抑制剂在临床肿瘤治疗中效果卓越,是肿瘤靶向治疗的主力军。

海星生物多元的基因编辑工具箱,可以高效的实现染色体的特定编辑:Translocation、Recombination、Inversion、Deletion。编辑后的细胞株断点明确,与天然序列完全一致,可以稳定检出DNA层面、RNA层面、蛋白层面的变异,是测试融合基因检测的灵敏度、特异性和稳定性的优秀标准品。


案例1:Fusion

Copy number:3281.04 copies/ng RNA    RNA sequencing:

image.png


案例5:Fusion

EML4[13]-ALK[20] inversion   DNA sequencing:

image.png


| 海星生物HyCyteREFTM分子诊断标准品特点

· 可再生

· 有类似检测样本的基因组复杂结构(异质性)

· 有明确的拷贝数和等位基因数

· 质量高度稳定、均一性好

· 具有临床标本和肿瘤细胞的特性

· 无伦理风险


| 海星生物HyCyteTM分子诊断标准品细胞株制备流程

流程图.jpg


海星生物专注细胞基因编辑(基因敲除\敲入\突变\过表达)十年:为基因检测提供参考品细胞株开发,已经和多家基因诊断公司建立合作。海星生物可以提供诊断试剂盒标准品定制化服务,为客户定制拷贝数固定(或高突变频率)的单核苷酸变异(SNV)、碱基缺失(Deletion)、碱基插入(Insertion)、基因融合(Fusion)、拷贝数变异(CNV)等各种变异类型的标准品细胞株,可应用于基因检测的上游试剂盒研发、企业参考盘注册申报、生产质检,下游ICL的日常质控、EQA支持。解决临床样本有限,稀有突变难获得的问题。还可以订制开发IHC(免疫组化)标准品细胞株,解决细胞系表达丰度不稳定,染色深浅不一的问题。此外针对肿瘤早筛甲基化检测试剂盒,海星生物可以提供低甲基化水平DNA参考物质。


附:常见融合基因位点


ALK融合基因

CAD-ALK Fusion

EML4-ALK Fusion

KIF5B-ALK Fusion

NPM1-ALK Fusion

RANBP2-ALK Fusion

STRN-ALK Fusion







ABL1融合基因

BCR-ABL1 Fusion











BRAF融合基因

BRAF-AGAP3 Fusion

BRAF-AGK Fusion

BRAF-AKAP9 Fusion

BRAF-ARMC10 Fusion

BRAF-CUL1 Fusion

BRAF-FAM131B Fusion

BRAF-GTF2I Fusion

BRAF-KIAA1549 Fusion

BRAF-MKRN1F Fusion

BRAF-PAPSS1 Fusion

BRAF-PCBP2 Fusion

BRAF-PPFIBP2 Fusion

BRAF-SND1 Fusion

BRAF-TRIM24 Fusion

BRAF-ZKSCAN1 Fusion










FGFR2融合基因

FGFR2-AHCYL1 Fusion

FGFR2-BICC1 Fusion

FGFR2-CCDC6 Fusion

FGFR2-CIT Fusion

FGFR2-FAM76A Fusion

FGFR2-KIAA1967 Fusion

FGFR2-MGEA5 Fusion

FGFR2-OPTN Fusion

FGFR2-PPHLN1 Fusion

FGFR2-TACC3 Fusion

FGFR2-ZMYM4 Fusion








FGFR3融合基因

FGFR3-BAIAP2L1 Fusion

FGFR3-TACC3 Fusion

IGH-FGFR3 Fusion










JAK2融合基因

ATF7IP-JAK2 Fusion

BCR-JAK2 Fusion

PAX5-JAK2 Fusion

PCM1-JAK2 Fusion

TEL-JAK2 Fusion








NTRK1融合基因

CD74-NTRK1 Fusion

EPS15-NTRK1 Fusion

LMNA-NTRK1 Fusion

MPRIP-NTRK1 Fusion

NFASC-NTRK1 Fusion

TFG-NTRK1 Fusion

TPR-NTRK1 Fusion












NTRK2融合基因

ETV6-NTRK2 Fusion











NTRK3融合基因

BTBD1-NTRK3 Fusion

EML4-NTRK3 Fusion

ETV6-NTRK3 Fusion

HNRNPA2B1- NTRK3 Fusion

KANK1-NTRK3 Fusion

UBE2R2-NTRK3 Fusion







PDGFB融合基因

PDGFB-COL1A1 Fusion











PDGFRA融合基因

PDGFRA-BCR Fusion

PDGFRA-CDK5RAP2 Fusion

PDGFRA-ETV6 Fusion

PDGFRA-FIP1L1 Fusion

PDGFRA-Fusions

PDGFRA-KDR Fusion

PDGFRA-KIF5B Fusion

PDGFRA-STRN Fusion











PDGFRB融合基因

AGGF1-PDGFRB Fusion

ATF7IP-PDGFRB Fusion

BIN2-PDGFRB Fusion

CEP85L-PDGFRB Fusion

EBF1-PDGFRB Fusion

ETV6-PDGFRB Fusion

GIT2-PDGFRB Fusion

GOLGA4-PDGFRB Fusion

GPIAP1-PDGFRB Fusion

HIP1-PDGFRB Fusion

KANK1-PDGFRB Fusion

KIAA1509-PDGFRB Fusion

NIN-PDGFRB Fusion

PDE4DIP-PDGFRB Fusion

PRKG2-PDGFRB Fusion

RABEP1-PDGFRB Fusion

SPTBN1-PDGFRB Fusion

TP53BP1-PDGFRB Fusion

WDR48-PDGFRB Fusion












RAD51B融合基因

RAD51B-HMGA2 Fusion











RET融合基因

RET-CCDC6 Fusion

RET-EML4 Fusion

RET-Fusions

RET-KIF5B Fusion

RET-NCOA4 Fusion

RET-SEPTIN9 Fusion

RET-RUFY1 Fusion












ROS1融合基因

CCDC6-ROS1 Fusion

CD74-ROS1 Fusion

CEP85L-ROS1 Fusion

EZR-ROS1 Fusion

FIG-ROS1 Fusion

GOPC-ROS1 Fusion

KDELR2-ROS1 Fusion

LIMA1-ROS1 Fusion

LRIG3-ROS1 Fusion

MSN-ROS1 Fusion

SDC4-ROS1 Fusion

SLC34A2-ROS1 Fusion

TFG-ROS1 Fusion

TPM3-ROS1 Fusion

YWHAE-ROS1 Fusion





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