| 基因融合与肿瘤发生
融合基因（fusion gene），是指两个基因的部分序列发生融合形成的嵌合基因，一般由于染色体易位、缺失等原因所致。这种嵌合基因会在后续的生物学过程中形成异常转录本或蛋白质，进而导致或者促进肿瘤的发生。举个例子，慢性粒细胞白血病，其分子生物学特征就是检测到BCR-ABL融合基因；该融合基因翻译出的融合蛋白具有很强的酪氨酸激酶活性，会导致细胞过度增殖、细胞凋亡受抑制，进而出现各种病症。
因此，准确检测出融合基因/转录本，对于这类肿瘤疾病的预防、治疗和全面理解有重要的意义。在实际分析中，我们通过预测的融合基因位点信息，对“表达外显子组”的转录活性区域进行筛选，获取涉及转录序列突变和结构重排的证据，进而找到与其功能相关的癌症基因组的变化。
| 肿瘤分子诊断的发展前景及其标准化
分子诊断技术是肿瘤分子病理研究具有划时代意义的检测手段，拓宽了病理学研究的范围，使我们对肿瘤发生发展、形态特征、生物学行为的认识进入分子水平，分子诊断的大部分技术已日趋成熟。
分子诊断目前仍存在一些问题，由于其技术一般都具有敏感性高的特点，特别是PCR和NGS技术，结果影响因素较多，最大的问题为技术性假阳性和假阴性。要使检测技术具有高敏感性，又要确保检测结果的高特异性和重复性，质量控制至关重要，关键在于建立标准化的实验操作程序和标准化的分子诊断实验室和标准化的诊断指标。
| Fusion标准品细胞株定制
融合基因是肿瘤产生的重要原因，实体瘤中最常见融合基因是酪氨酸激酶（如ALK、ROS1和RET等），融合突变导致下游细胞信号通路激活，细胞无限增殖。融合基因既是导致肿瘤的“魔鬼”，也能成为靶向治疗癌症的天使。多种融合基因的靶向抑制剂在临床肿瘤治疗中效果卓越，是肿瘤靶向治疗的主力军。
海星生物多元的基因编辑工具箱，可以高效的实现染色体的特定编辑：Translocation、Recombination、Inversion、Deletion。编辑后的细胞株断点明确，与天然序列完全一致，可以稳定检出DNA层面、RNA层面、蛋白层面的变异，是测试融合基因检测的灵敏度、特异性和稳定性的优秀标准品。
案例1：Fusion
Copy number：3281.04 copies/ng RNA RNA sequencing:
案例5：Fusion
EML4[13]-ALK[20] inversion DNA sequencing:
| 海星生物HyCyteREFTM分子诊断标准品特点
· 可再生
· 有类似检测样本的基因组复杂结构（异质性）
· 有明确的拷贝数和等位基因数
· 质量高度稳定、均一性好
· 具有临床标本和肿瘤细胞的特性
· 无伦理风险
| 海星生物HyCyteTM分子诊断标准品细胞株制备流程
海星生物专注细胞基因编辑（基因敲除\敲入\突变\过表达）十年：为基因检测提供参考品细胞株开发，已经和多家基因诊断公司建立合作。海星生物可以提供诊断试剂盒标准品定制化服务，为客户定制拷贝数固定（或高突变频率）的单核苷酸变异（SNV）、碱基缺失（Deletion）、碱基插入（Insertion）、基因融合（Fusion）、拷贝数变异（CNV）等各种变异类型的标准品细胞株，可应用于基因检测的上游试剂盒研发、企业参考盘注册申报、生产质检，下游ICL的日常质控、EQA支持。解决临床样本有限，稀有突变难获得的问题。还可以订制开发IHC（免疫组化）标准品细胞株，解决细胞系表达丰度不稳定，染色深浅不一的问题。此外针对肿瘤早筛甲基化检测试剂盒，海星生物可以提供低甲基化水平DNA参考物质。
附：常见融合基因位点
ALK融合基因 |
CAD-ALK Fusion | EML4-ALK Fusion | KIF5B-ALK Fusion | NPM1-ALK Fusion | RANBP2-ALK Fusion | STRN-ALK Fusion |
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ABL1融合基因 |
BCR-ABL1 Fusion |
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BRAF融合基因 |
BRAF-AGAP3 Fusion | BRAF-AGK Fusion | BRAF-AKAP9 Fusion | BRAF-ARMC10 Fusion | BRAF-CUL1 Fusion | BRAF-FAM131B Fusion |
BRAF-GTF2I Fusion | BRAF-KIAA1549 Fusion | BRAF-MKRN1F Fusion | BRAF-PAPSS1 Fusion | BRAF-PCBP2 Fusion | BRAF-PPFIBP2 Fusion |
BRAF-SND1 Fusion | BRAF-TRIM24 Fusion | BRAF-ZKSCAN1 Fusion |
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FGFR2融合基因 |
FGFR2-AHCYL1 Fusion | FGFR2-BICC1 Fusion | FGFR2-CCDC6 Fusion | FGFR2-CIT Fusion | FGFR2-FAM76A Fusion | FGFR2-KIAA1967 Fusion |
FGFR2-MGEA5 Fusion | FGFR2-OPTN Fusion | FGFR2-PPHLN1 Fusion | FGFR2-TACC3 Fusion | FGFR2-ZMYM4 Fusion |
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FGFR3融合基因 |
FGFR3-BAIAP2L1 Fusion | FGFR3-TACC3 Fusion | IGH-FGFR3 Fusion |
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JAK2融合基因 |
ATF7IP-JAK2 Fusion | BCR-JAK2 Fusion | PAX5-JAK2 Fusion | PCM1-JAK2 Fusion | TEL-JAK2 Fusion |
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NTRK1融合基因 |
CD74-NTRK1 Fusion | EPS15-NTRK1 Fusion | LMNA-NTRK1 Fusion | MPRIP-NTRK1 Fusion | NFASC-NTRK1 Fusion | TFG-NTRK1 Fusion |
TPR-NTRK1 Fusion |
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NTRK2融合基因 |
ETV6-NTRK2 Fusion |
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NTRK3融合基因 |
BTBD1-NTRK3 Fusion | EML4-NTRK3 Fusion | ETV6-NTRK3 Fusion | HNRNPA2B1- NTRK3 Fusion | KANK1-NTRK3 Fusion | UBE2R2-NTRK3 Fusion |
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PDGFB融合基因 |
PDGFB-COL1A1 Fusion |
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PDGFRA融合基因 |
PDGFRA-BCR Fusion | PDGFRA-CDK5RAP2 Fusion | PDGFRA-ETV6 Fusion | PDGFRA-FIP1L1 Fusion | PDGFRA-Fusions | PDGFRA-KDR Fusion |
PDGFRA-KIF5B Fusion | PDGFRA-STRN Fusion |
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PDGFRB融合基因 |
AGGF1-PDGFRB Fusion | ATF7IP-PDGFRB Fusion | BIN2-PDGFRB Fusion | CEP85L-PDGFRB Fusion | EBF1-PDGFRB Fusion | ETV6-PDGFRB Fusion |
GIT2-PDGFRB Fusion | GOLGA4-PDGFRB Fusion | GPIAP1-PDGFRB Fusion | HIP1-PDGFRB Fusion | KANK1-PDGFRB Fusion | KIAA1509-PDGFRB Fusion |
NIN-PDGFRB Fusion | PDE4DIP-PDGFRB Fusion | PRKG2-PDGFRB Fusion | RABEP1-PDGFRB Fusion | SPTBN1-PDGFRB Fusion | TP53BP1-PDGFRB Fusion |
WDR48-PDGFRB Fusion |
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RAD51B融合基因 |
RAD51B-HMGA2 Fusion |
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RET融合基因 |
RET-CCDC6 Fusion | RET-EML4 Fusion | RET-Fusions | RET-KIF5B Fusion | RET-NCOA4 Fusion | RET-SEPTIN9 Fusion |
RET-RUFY1 Fusion |
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ROS1融合基因 |
CCDC6-ROS1 Fusion | CD74-ROS1 Fusion | CEP85L-ROS1 Fusion | EZR-ROS1 Fusion | FIG-ROS1 Fusion | GOPC-ROS1 Fusion |
KDELR2-ROS1 Fusion | LIMA1-ROS1 Fusion | LRIG3-ROS1 Fusion | MSN-ROS1 Fusion | SDC4-ROS1 Fusion | SLC34A2-ROS1 Fusion |
TFG-ROS1 Fusion | TPM3-ROS1 Fusion | YWHAE-ROS1 Fusion |
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