2、外源污染 如果相同来源的其它批次的细胞并没有出现问题，你就要思考一下你是不是“中奖了”。请及时对可疑细胞以及培养使用的试剂进行隔离。 
（1）细菌污染
细菌是一种原核细胞微生物，其大小以微米(μm)计。 常见的污染细菌有革兰氏阴性菌和大肠杆菌、假单胞菌等，革兰氏阴性菌中白色葡萄球菌等比较常见。 一旦发生细菌污染较易发现，多数情况下培养液短期内颜色变黄，表明有大量酸性物质产生，出现明显混浊现象；有时静置的培养液液体初看不混浊，但稍加振荡，就有很多混浊物漂起。倒置显微镜下观察，可见培养液中有大量圆球状颗粒漂浮。必要时可取少量培养液涂片染色检查以证实细菌种类；有的培养液改变不明显而又疑有污染，可取出少量培养液用普通肉汤接种或用未加双抗药物的培养液接种，也可取10ml细胞悬液以100rpm离心5min，沉淀中加入无抗生素的培养液2ml，置于37℃培养，24h可得结果。 污染后细胞发生病理改变，胞内颗粒增多、增粗，最后变圆脱落死亡，造成试验失败和细胞株(系)丢失。  
解决方案： (1) 丢弃所有已经污染的细胞和培养基； (2) 培养环境用新洁尔灭擦拭且UV灭菌24小时； (3) 培养试剂中加入P/S双抗； (4) 尽可能使用一次性耗材及成品培养基； 真菌污染是细胞培养过程中最常见的一种，尤其在梅雨季节进行细胞培养更易污染。 污染培养细胞的多为烟曲霉、黑曲霉、毛霉菌、孢子霉、白念珠菌、酵母菌等。 霉菌污染后多数在培养液中形成白色或浅黄色漂浮物。一般肉眼可见，较易被发现，短期内培养液多不混浊，倒置显微镜下可见于细胞之间纵横交错穿行的丝状、管状、及树枝状菌丝，并悬浮飘荡在培养液中。很多菌丝在高倍镜可见到有链状排列的菌珠；念珠菌或酵母菌形态呈卵形，散在细胞周边和细胞之间生长。镜下看时，要将培养瓶用酒精棉球擦干净，以防止与瓶外其瓶底外面生长的菌丝相混淆。 真菌污染后，细胞生长变慢，但最后由于营养耗尽及毒性作用而使细胞脱落死亡。 
解决方案： (1) 丢弃所有已经污染的细胞和培养基； (2) 培养环境用甲醛熏蒸； (3) 培养试剂中加入两性霉素B； (4) 尽可能保持细胞培养环境的干燥； (5) 注意戴帽子和口罩； (6) 尽可能使用一次性耗材及成品培养基； 支原体是一种大小介于细菌和病毒之间(最小直径0.2μm并独立生活的微生物。约有1%可通过滤菌器。支原体无细胞壁形态呈高度多形性．可为圆形、丝状或梨形。 支原体形态多变，在光境下不易看清内部结构。电镜下观察支原体膜为三层结构．其中央有电干密度大的密集颗粒群或丝状的中心束。支原体多吸附或散在于细胞表面和细胞之间。横断面与细胞微绒毛相似，但微绒毛电子密度比支原体小，且中央无颗粒群或中央束。 支原体代谢需固醇类物质、部分种类需要精氨酸、氧气、葡萄糖，每一种支原体都有自身持点。多数支原体适合于偏碱条件下生存(PH 7.6~8.0)，对酸耐受性差。对热比较敏感，对一般抗生素不敏感。 支原体污染细胞后．培养液可不发生混浊．多数情况下细胞病理变化轻微或不显著，细微变化也可由于传代、换液而缓解．因此易被忽视。但个别严重者，可致细胞增殖缓慢．甚至从培养器皿脱落。 
解决方案： (1) 丢弃所有已经污染的细胞和培养基； (2) 使用支原体清除试剂擦拭培养箱及超净工作台； (3) 培养试剂中加入支原体清除试剂； (4) 注意戴帽子和口罩； (5) 尽可能使用一次性耗材及成品培养基； （4）黑胶虫污染 黑胶虫可以穿透滤膜，也可以通过空气传播，低倍下为黑色点状，高倍下可看见黑色的小虫游来游去，培养液不浑浊，一般不会太影响，细胞还是可以用的。常常是细胞生长状态良好，且观测到的运动物无明显增多，且培养液颜色、透明度无明显变化，可在同一批号的血清养的细胞中发现类似现象。数量不多的时候对细胞生长状态不会有明显影响，在细胞增殖旺盛之后会自然消失，除更换血清外无须特殊处理。 （5）原虫污染
培养液可轻微浑浊，显微镜下那些细小的点状物数量非常多，轻微活动，细胞虽然可以生长但繁殖速度却明显减慢，而且细胞状态不好，边缘不清楚，细胞不透亮。他们与细胞可共生但会与细胞争夺营养。这种共生是非常普遍的，但他们的数量小，细胞站优势所以不会影响到细胞的正常生长，只有当他们到达一定的数量时就会影响到细胞的生长，最终形成恶性循环。 （6）病毒污染 组织细胞培养过程中，如果没有除去潜在的病毒，就会产生病毒污染。目前，从原代猴肾细胞的培养中已发现不少于20种血清性病毒。尽管病毒污染的细胞不影响原代培养，但生产疫苗是不安全的。因此，潜在病毒是细胞大量生产和疫苗、干扰素等生物制品制作中的难题。 （7）交叉污染
共用试剂、耗材，同时操作不同的样本，都极易造成交叉污染。交叉污染之王应该属于HeLa细胞了，世界上已有很多细胞都受其污染，致使许多实验宣告无效。
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